在众人商讨营救墨菲斯的计划期间，坦克终于醒了过来，在了解了墨菲斯被捕的情况后，坦克不顾自己的伤势，执意要参与到任务中。在巨大的压力之下，众人也不矫情，欣然答应。这样一来，原本被安排需要和道瑟一起留守尼布甲尼撒号，负责众人退路的苏薇琪便解放了出来，营救行动队又增添了一名宝贵战力。
至于茂史，众人也在第一时间从苏醒的坦克口中得到了和道瑟阐述的一样的信息，众人恍然大悟，怪不得茂史当时明明置于绝境，却能第一个毫发无伤的回归，再联想到姗姗来迟的特工布朗，以及茂史回归后的袭击行为，这下彻底坐实了茂史的背叛行为，众人对此不再有丝毫的异议。如此一般，自然也不会有人再理会这个叛徒。
而茂史最终也没能撑到墨菲斯归来，终因伤势过重而死，至死连个解释都没有。
不过这些都是后话。现阶段，与其为了搞清楚茂史反叛的缘由而浪费时间，不如把营救计划做的再细致一些。毕竟营救墨菲斯才是尼布甲尼撒号的首要任务。
在众人的通力合作下，营救计划修订完毕，撤退路线安排妥当，全体人员各就就位。
墨菲斯营救计划正式启动。
伴随着刺耳的电话铃音，尼布甲尼撒号的现有的五名战斗人员悉数进入了矩阵世界，随之而来的是大量轻重武器。
行动队分为三组，尼奥和崔妮蒂负责正面佯攻；苏薇琪此次没有和艾巴一组，而是和斯巴克一路，负责营救任务；射术最为精湛的艾巴则独自行动，负责远程的火力支援。
三路人马在武装完毕后，迅速开始分头行动，很快就抵达了预定位置。
在确认各组就位后，首先与对方接触的是尼奥二人。
只见身着一身黑色劲装的二人，携带大量致命的武器若无其事的走进关押墨菲斯的大楼，在对方安检人员目瞪口呆之际，拉开了战斗的序幕。
屠杀一直在持续，虽然众人和特工有着不小的差距，但对上矩阵中的未觉醒者，却是易如反掌。尤其是尼奥，即使是对方派遣了众多精锐的安保人员前来阻击他，也收效甚微。两人在将一楼所有人员屠杀一空后，走进了升降梯，不久后引爆了一楼的烈性液体炸弹。
剧烈的爆炸摧毁了大厦的电力系统，同时也吸引了特工的注意，布朗和琼斯迅速前往查探，留下史密斯一人独自看押墨菲斯。
趁着这个空隙，从墨菲斯所在房间背向的大楼，通过锚钩发射器滑落到楼顶的二人，短时间里内顺利夺取了停留在楼顶负责巡逻的武装直升机。
苏薇琪在和道瑟联系获取了直升机的驾驶程序后，载着斯巴克飞向了墨菲斯所在的房间。
当操控着134型速射机枪的斯巴克出现在史密斯视线中的时候，愤怒的后者急速拔枪向斯巴克开枪射击，同时向墨菲斯靠拢，试图以此为要挟，让其投鼠忌器。
然而，斯巴克并不准备给史密斯这样的机会，长长的火舌骤然喷出。斯巴克用子弹形成的壁垒将房间内的两人隔开。同时不断压缩史密斯的行动范围，在后者走投无路之际，用一连串的子弹结果了对方。
停止射击的斯巴克大声呼唤墨菲斯的名字，意图让其重新振作。
墨菲斯，无愧于尼布甲尼撒号的舰长，凭借其惊人的意志力，顽强的站了起来。他挣脱了锁拷的束缚，开始步履蹒跚向直升机走去。
因为药物的作用还在持续，墨菲斯的状况并不好，苏薇琪不得不将直升机进一步向大楼靠拢。