小智一行人继续着旅行，而今天上午的时候，一只大嘴鸥飞了过来，留下一封信，信里说非常欣赏小智，认为小智是一位优秀的训练家，所以邀请他来挑战刚研究出来的对战系统，落款人是一位叫荣格的博士，而小智看到随附的地图后，发现荣格博士的研究所就在不远处，所以欣然接受了邀请，接着四人就向着研究所走去。
“不知道我什么时候能被大家认为是优秀的协调训练家”走的路上，小遥忍不住的说。
“只要继续努力，这一天一定会到来的”小智回头说道。
“嗯，离秋叶镇不远了，这次的华丽大赛缎带勋章，我一定会拿到手”小智说过不会参加这次华丽大赛，所以小遥握了握拳头斗志十足说道。
“那个就是研究所，还是第一次看到城堡式的研究所”这时一座建立在河畔的宏伟城堡出现在大家的眼前，小胜惊叹道。
“这些是什么，难道是照明系统”城堡的门敞开着，小智一行走进后，就发现大理石铺就的地面上有很多半圆部分，小刚猜测道，不过这时的小智就没有听到小刚在说什么，而是看着前方，只见前方站立两个人，其中一人一头灰白的头发，身穿白色大褂，正是大木博士，不过小智的眼光则是被旁边倩丽的背影给吸引了，橙色单斜马尾辫，黄色短袖衫，加黄色短裤，背着一个海豹形的背包，正在和大木博士讨论着什么。
“小智这是怎么了”看到小智一言不发的向前走去，小胜不明所以，小刚和小遥则在一旁笑着。
“小霞”终于走到了跟前，小智轻轻的环住身前的人喃喃道。
“小智”突然被人抱住，小霞想挣脱开，不过突然一声低喃使得小霞浑身一颤，随后靠进了一个温暖的怀抱，一颗泪珠悄悄的挂在小霞的眼角，不知是悲伤还是高兴，而波克基古也和皮卡丘它唠家常去了。
“哎呀，真是的，你们俩个好了”看到两人已经抱了五分钟还没有分开的趋势，被冷落的大木博士说道。
“没有，一辈子都不会好”小智应声回答。
“哎哎哎，好了，小智你到这里来应该是有事吧，小霞一时半会儿也不会离开你的，待会儿你们再聊”大木博士尴尬道。
“嗯”小智听到后，慢慢松开了怀抱，不过一只手抓着小霞。
“看来，小智到这里来，应该是受到荣格博士的邀请”小霞拿出一封信，笑着对小智说道。
“是的”小智也把那封信拿了出来。
“我听说荣格研究七年终于出成果了，所以就陪小霞一起来了，没想到会碰到你们”随后大木博士和小刚他们打招呼。
“小遥，我们终于见面了”小霞对小遥说道。
“是啊，之前只有在电话里见过。”
“原来小智每次煲电话粥都是和你啊”小胜也终于知道怎么回事。
“你就是小胜吧，见到你很高兴”小霞也和小胜打招呼。
“各位，我一直在等你们”就在这时，从屋里走出一位蓝色短发，身穿白大褂的人。
“荣格，好久不见了”大木博士看到来人高兴的说，原来眼前的这位就是研究出新的对战系统的荣格博士。
“呐呐呐，荣格博士，那个新的对战系统在什么地方”小胜这时已经迫不及待地想要见一见新的对战系统了。
“各位正身处其中”荣格博士说了一句让大家摸不着头脑的话，“接下来，我就展示给大家”随后博士拿出一个操纵装置，按了几个按钮后，庭院地上半圆突然发出亮光，并且之间有光线把他们连接到了一起，形成了一个一个的六边形，如同蜂巢一般。
“难道这就是幻影领域”大木博士对这个东西还是知道一点的。
“是的，他们可以在里面自由行动”荣格博士一边说着一边操纵着按钮，几道光线对撞到一起，在大家眼前出现了三只神奇宝贝。
“是镰刀盔、多刺菊石兽和太古盔甲”看着眼前的三只神奇宝贝，小刚非常惊讶。
“，也就是说，你的幻影系统已经完成了”大木博士惊讶道。
“是的，以神奇宝贝数据为基础，声音、智慧还有躯体，能组成神奇宝贝完整个体的系统，由此诞生的它，理所当然的称为”
“和真的神奇宝贝一样”小胜忍不住的走上前去，摸了摸多刺菊石兽，那冰冷的触觉，仿佛真正摸到硬壳一般。
“那是当然，不仅可以参与对战，灭绝的神奇宝贝，稀有的，甚至神秘的神奇宝贝，所有的神奇宝贝都能见到，换言之，这将促进神奇宝贝研究的飞跃发展，那么接下来”荣格博士说完后，三只化石神奇宝贝就消失了，代替的则是一只波士可多拉，“小智、小霞，有兴趣挑战我的吗”
“那是当然”小霞对此非常感兴趣，她还从来没有和丰缘地区的神奇宝贝交过手呢。
大家跟着荣格博士一起来到了一处对战场地，大木博士走到裁判的位置上，“马上将举行荣格博士与华蓝道馆馆主小霞的神奇宝贝对战，使用的神奇宝贝为一只，当有一方的神奇宝贝失去战斗能力的时候，比赛即为结束”
“去吧，我的宝贝”小霞看到对方已经准备就绪，接着派出自己的神奇宝贝。
“是美纳斯”看到小霞派出的神奇宝贝，小遥大吃一惊。
“不久前，小智告诉我，笨笨鱼可以通过携带绮丽鳞片通信进化，所以就有了现在的美纳斯”小霞看着美纳斯十分高兴，毕竟谁都无法抗拒美纳斯的美丽。
“女士优先，就由你先攻吧”荣格博士很绅士的把先攻权让给了小霞。
“美纳斯水炮”小霞也没有推脱，直接让美纳斯使用水炮，一道粗壮的水柱应声而出，直接命中了对面的波士可多拉，激起一阵烟尘。
“命中了，而且是效果拔群”小胜激动的喊道。
“吼”不过结果却出乎大家预料，烟雾散去，波士可多拉大吼了一声，完全看不出伤势。
“这怎么可能”大家看到后都非常不相信。
“波士可多拉使用沙尘暴”
“液体圈”面对波士可多拉的沙尘暴，美纳斯的周围出现了许多水圈，把美纳斯环绕起来，这样就把沙尘暴对美纳斯造成的伤害给抵消了。
“电磁波”
“美纳斯魔装反射”荣格博士看到沙尘暴没有什么作用，所以选择了干扰技能，可是美纳斯身体发出一道绚丽的白光，使用了魔装反射，电磁波直接被反弹了，波士可多拉反而被麻痹了。
“波士可多拉使用种子机关枪”就在一切按部就班，小霞看起来稳占上风的时候，荣格博士突然让波士可多拉使用了种子机关枪，黄绿色的种子朝着美纳斯喷射而去。
“什么”小霞看到种子机关枪大吃一惊，“使用暴风雪”不过随后就反应过来，让美纳斯使用了暴风雪，冰封了种子。
“这怎么可能，波士可多拉是不可能使用种子机关枪的”小胜这时立刻问道，这已经打乱了他的认知。
“因为它是一只，可以通过操控输入的数据，来自由改变属性和绝招”荣格博士解释道。
“如果是这样的话，那么就没有比下去的必要了，神奇宝贝是有生命的，每一种神奇宝贝都有自己独自的特点，正是他们各自的属性和特有的绝招，才使得神奇宝贝多彩多姿，你的系统如果是这样的话，那就根本没有研究的必要，它对神奇宝贝的研究没有任何的作用，它只是一堆数据罢了”小智听到荣格博士的解释后，就把小霞拉了回来，阻止了小霞继续战斗，因为他认为这是没必要的，“博士，如果没什么事情，我们就先走了，我们还有很多话要说呢”小智随后对大木博士说道，接着就拉着小霞向门外走去。
“哈哈哈哈哈…”
“什么人”小智和小霞还没走出去几步，突然传来一阵很浑厚的怪笑，大木博士听到后立刻看向声音传来的地方。
“居然说只是一堆数据”大家一起看向声音发出的地方，就看到在研究所的阳台上有一个身披披风，脸带面具的人，“那我就让你看看的厉害”那个人拿出了一个和荣格博士一模一样的控制器，按下几个按钮后，突然院子里出现了好多神奇宝贝，镰刀盔、多刺菊石兽、化石翼龙、太古盔甲，各种化石神奇宝贝，还有怪力、圈圈熊等力量巨大的神奇宝贝。
“荣格博士，这是怎么回事”看到凭空出现的神奇宝贝群，大木博士质问荣格博士。
“我也不知道怎么回事”荣格博士操纵手里的控制仪器，不过突然就爆裂开来。
“这个幻影领域已经归我所有，我是幻影的主谋者”那个神秘人说道，自称为幻影的主谋者。
“现在怎么办”小遥看着眼前凶神恶煞的神奇宝贝，有点六神无主。
“看来没办法了，小智”小霞拿出了一个神奇宝贝球，随后对小智喊了一声。
“嗯，好久没有一起战斗过了”小智也一边说着，一边拿出了一颗神奇宝贝球，“喷火龙决定就是你了”小智派出喷火龙。
“去吧，我的宝贝”小霞也随后把神奇宝贝派了出来。
“是暴鲤龙，又是一只强力的神奇宝贝”看到小霞的神奇宝贝，小胜吃了一惊，明明比姐姐大不了多少，可是差距怎么这么大。
“喷火龙、暴鲤龙，ega进化”小智和小霞对视一眼，小智右手按住左手腕带上的键石，小霞则是右手食指和中指按住胸前悬挂的吊坠上的键石，两股能量分别和喷火龙、暴鲤龙身上的ega石相呼应，能量撕裂开来后，出现在大家眼前的是百万喷火龙和百万暴鲤龙。
“我们怎么办”小遥看到后呆了一下，随后恢复过来。
“我要去把这里的事告诉君莎小姐，这么复杂的事情只有我才能解释清楚”小刚一边幻想着一边说道。