《黑衣人》的故事发生在《黑衣人1》的五年之后，在成功阻止虫族得到宇宙能源“银河系”之后，K选择了退休并放弃了所有关于黑衣人的记忆，而由他亲自挑选并培养出来的J成为了黑衣人组织如日中天的高级成员，很可惜J一直没有找到合适的搭档，没有人可以分担工作上的压力让他的情绪有些狂躁。而就在J再次解雇了自己新的搭档的时候，地球又面临着一场灭顶之灾。</p>
卡洛瑟星种族一直觊觎侵占萨塔星球，而萨塔之光则是萨塔星族守护自己星球的关键所在。5年前，萨塔星公主携带萨塔之光逃到了地球，为了避免地球卷入这场星际争斗，黑衣人K当着卡洛瑟星女王瑟琳娜的面发射了一艘宇宙飞船，并谎称这艘飞船中承载着萨塔之光，最终骗得瑟琳娜为了追逐那艘飞船而离开了地球。5五年后，发现自己上当得瑟琳娜再次造访地球，这一次不找到萨塔之光她不会善罢甘休，同时一名叫做劳拉的黑人女子也被卷入其中，并和J产生了一种莫名的感情。为了了解事情的真相，并摧毁瑟琳娜的阴谋，势单力薄的J不得不去寻找昔日的搭档K，为其恢复记忆，并再次携手为捍卫地球而战。</p>
当K恢复记忆并说出事情真相的时候，J无法接受，因为劳拉本身就是所谓的萨塔之星，她是萨塔星的精神领袖，而瑟琳娜就是想要将其挟持来达到占领萨塔星的目的。是守护赖以生存的地球，还是选择爱情，J不得不在这两者之间做出选择……</p>
每一次被传送进恐怖片世界之后，张程都会先看看这一次的新人和打量一下周围的环境，不过这一次他却迫不及待的查看手表中显示的任务，而其他中洲队员基本上也都是这个动作。</p>
主线任务：阻止瑟琳娜将劳拉送到洛卡瑟星球，如果劳拉死亡或者乘坐以洛卡瑟星球为目的地的飞船离开地球，则任务判定为失败，中洲队全体抹杀。毁灭小队将在5天之后零点进入《黑衣人》世界，杀死对方轮回小队未解开基因锁队员奖励D级支线剧情一个，1000点奖励点数；杀死对方轮回小队解开基因锁队员奖励B级支线剧情一个，5000点奖励点数。本小队杀掉对方轮回小队一人积正一分，被对方轮回小队杀掉一人积负一分，最终分数乘以000，将是最终所得奖励点数，如最终奖励点数为负则被抹杀。</p>
看到手表中显示这一次的对手真的就是毁灭小队，张程的心中不由的一怔，中洲队的运气还真是有够糟糕，而且凑巧的是，恰恰上一次中洲队进入《黑衣人》世界的时候，也是遭遇了远强于自己的德洲队，并伤亡惨重，几乎团灭。看来《黑衣人》世界对于中洲队来说还真是一处不祥之地。</p>
还没等张程他们从不幸的消息中反应过来，突然主神的声音在众人的意识中响起。</p>
“经查询，毁灭小队之中有三名队员为中洲队死亡队员复制体，其中一名队员为进入轮回世界十强排名，是否立刻召唤这三名队员进入本世界，60秒内做出选择，否则当做自动弃权。60、59、58……”</p>
“这是什么意思？”张程急忙向何楚离问道，而主神倒计时的声音犹如重锤一般在敲打着张程的内心。</p>
“我终于明白了毁灭小队会和其他轮回小队不死不休的真正原因，主神的这种安排还真是有趣啊。”虽然倒计时的声音同样在何楚离的意识中响起，可是似乎她对此并不是十分着急。</p>
“5、4、……”</p>