太平洋的海底，突然隆起来了一个神秘的超古代遗迹。
从那里出现的邪恶魔鸟，怪兽佐加支配了整个天空。
虽然迪迦奥特曼和丽娜一起把它消灭了。
但是，新的危机才只是刚刚的开始。
神秘的超古代遗迹，狂暴的闪电肆虐。
神秘的黑雾，开始从遗迹向着世界各处席卷开来。
天空被遮蔽，大地被掩盖。
黑暗的世界，就像大古梦中的那般，已然出现。
“你觉得我们能赢吗？如果，我们的命运注定最终要灭亡的话”
白雪号上，丽娜对着大古有些不自信的说道。
“这是什么命运。我们一定要改变它！”
大古的坚定回答，让丽娜动摇的心也开始稳固了下来。
伴随着闪电，海底的遗迹开始上浮露出水面。
“啊！到底发生什么了！”
收到剧烈的海水波动影响，前往勘察的崛井和新城两个人，新城用力地握着架势杆说道。
“那个大黑影是什么东西！”崛井这时候突然看到了收集器捕捉到的现场图像，震惊的说道。
长眠于此的黑暗的支配者。经过三千万年的休眠，终于要再次苏醒，为了夺取这个世界而让世界陷入绝望的黑暗。
“总部！总部！”
海豚号失去了和总部基地的联系。
“海豚202号，，快回答！崛井！新城！”
作战室内，不管宗方如何呼叫，都再也听不到两个人的回应。
“海底，到底出了什么事情？”居间惠队长很严肃的问道。
众人摇摇头，大家都不愿意去想那个结果，那个两人可能再也回不来的结果。
“佐加朝着首都中心攻来了！”野瑞这时候报告说道。
“啊啊啊！！”
“救命啊啊啊！！”
“快跑！！”
佐加在城市中毫无顾忌的尽情毁坏着，地上的尽是些四散逃走的，绝望的人类。
“所有的运输系统都已经停止了，请迅速到地下避难！迅速到地下避难！”
“请到地下避难！快点！”
警务部队的广播声配合着城市里的爆炸声音响起，人们朝着地下的防空设施里拼命地跑着。
“迪迦奥特曼！一定会收拾它的！”
某个孩子，看到和平的城市被摧毁的这样惨不忍睹，愤怒的呼喊着。
“不仅仅是日本，世界其他地方呢？”居间惠队长急忙问道。
“是！”
野瑞急忙调出了现在世界上各个主要城市的实时视频，大都是一样的，被佐加摧毁殆尽的惨状。
“怎么回事！”泽井总监很难相信的说道。
“tpc美国支部的布鲁特队，全军覆没了！”野瑞及时报告的说道。
“啊？天啊！”这时候，野瑞突然发现了一个很严重的事态。
面前所有计算机的屏幕，开始出现了宕机的提示！
“怎么了？！”宗方赶紧过来问道。
“这这不可能的？”