登坛祭天仪式之后的第二天清晨五更时分，天还未放亮，当午门旁的鼓楼上传来第一通晨鼓，南京城各座城门相对的大街上街鼓齐声响应，六街尘起鼓隆隆。
随着鼓声响起，文武百官们峨冠博带，进入宫城，站在武英殿外的朝房中等候。
今日是新帝御朝听政的第一天，三通鼓过后，文武百官匆匆从朝房中走出，往武英殿行去。
诸臣到了殿门口，按照文东武西，再按照职务和品级区别，排成两班，鱼贯而入，四个御史分班面向北立，负责纠仪。
过了片刻，内官传呼：“皇帝驾到！”
朱由渠头戴十二旒冕冠，身上穿了极为隆重的冕服，他面带肃容，在一大群服饰华美的内官们的簇拥中乘撵进殿，升入御座以后，然后有仪表堂堂，声音洪亮的鸿胪寺官高唱：“入班行礼！
随即文武百官面向御座，依照鸿胪寺官的唱赞，垂首肃颜，稽首山呼万岁！
登基典礼过后，朱由渠又为堂兄崇祯皇帝举行了隆重的追悼活动。
上崇祯帝庙谥为“思宗烈皇帝”，周皇后为“孝节皇后”。又尊福恭王朱常洵为“恭皇帝”，福王正妃为“孝诚皇后”，生母太妃邹氏为“仁寿皇太后”，尊万历郑贵妃为“孝宁太皇太后”。
傍晚时分，朱由渠又把自己登基后的第一份御札润色一遍：朕以菲德，获承大统，以临士民之上，属时多艰，未知攸济，栗栗危惧，若将陨于深渊，甲申之祸，千古未有，是用夙夜震悼于朕心，念皇兄辱于流贼，悯生灵重患于兵革，饮泣尝胆，不遑宁居，唯尔四方士民，抱负忠义，其伊恤朕躬，以共济于艰难，以致安于宗社。
州县民户募师勤王，调发之烦，当厚与抚循，赋敛之厚，当议蠲免。法令之弊，当议改更。溃兵为盗，许令自新。返邪归正者宽其前罪，能杀贼自效者以军功论。亡官失爵，全部恢复。因乱去官者，限一月还任。欠官府旧债，一律免除。许臣庶上言民间疾苦，虽诋讦亦不加罪。
贼吏为奸，罪不可贷，当遣使按治，置于典型。乎天下之士民，未忘我之祖宗，当同心以相扶；天下之军民，不愿沦于贼寇，当协力以相保守，国势既昌，天命益固，庶几邻敌悔祸，则予一人以宁，尔亦有无穷之闻，不其韪欤。故滋诏示，想宜知悉。
皇帝手书，是为御札，盖上印玺，即为诏书。当天夜里，朱由渠这份宣布登基，号召全国军民保家卫国的诏书，连夜发往南方各省，这道诏书将如同刺破黎明前黑暗的第一道曙光，让全国军民知道：福王已继承大统，大明并没有亡国，帝国还大有希望。
新皇登基第二日，吏部草拟了入阁的人员名单，上面有四个人:兵部尚书史可法、户部尚书高弘图、礼部尚书张慎言、詹事府詹事姜曰广，四个全是东林党，且都有一个共同点，得罪过朱由渠。
这份提名名单是东林党成员精心挑选规划出的，目的就是为了试探一下朱由渠对他们的态度。
朱由渠看到名单后，心下已十分了然，他连夜招来马士英、卢九德、刘孔昭、赵之龙等人廷对商议。几乎是孤身入京的他，暂时只能依靠几个助他上位的内臣和勋贵来对抗东林党了，经过一番激烈的商议后，众人心满意足的离开了皇宫，为马上到来的内阁大选提前做着准备了。
第二日，朱由渠果断的否决了吏部草拟的名单，众人得知消息后很慌张，以为新皇的反攻倒算就要开始了。
正在他们积极密谋寻找应对之策的时候，朱由渠突然又给吏部下了一道手谕：“推选阁臣乃新朝首重之事，当召集五品以上文武勋贵集议，公选廷推，以示公正。朝中贤人士大夫甚多，必使人人皆有机会。”
看到这条谕令，东林党人这才松了一口气，史可法考虑到新内阁的重要性，也认为搞个公开推选更有说服力，因此邀请了魏国公徐宏基、抚宁侯朱国弼、安远侯柳祚昌、灵璧侯汤国祚、忭城伯赵之龙、东宁伯焦梦熊、南和伯方一元、诚意伯刘孔昭、成安伯郭祚等一干南京勋臣来共商国事。
会议伊始，众人就踊跃发言各抒己见，虽然人多口杂但结果却比较一致，一轮下来史可法、高宏图、姜曰广就毫无悬念地被选出来了，其中史可法凭借着道德素养，累有军功，朝堂内外积累的声威毫无疑问的被推选而入，高宏图也凭借着户部的重要和深厚的人脉资历，入选，不过选三个似乎不够，于是大家接着想，继续选又把东林党的老干部张慎言选举做了吏部尚书，到此选举结束。
从结果上看，很圆满，内阁成员都是清一色东林党骨干，还顺道掌握了吏部和户部，得到了用人权和财权，真正实现了很好很强大的愿望。
东林党人都很满意，被邀请过来打酱油的勋贵之首魏国公徐宏基对廷选的结果也没什么异议，正当他打了个哈气，准备早点回家和美妾做乐的时候，一个尖锐突兀的声音搅乱了徐宏基的美梦。
“本镇要入阁！”刘孔昭气定神闲的道，毫不在意周围文武大臣惊诧，不可思议的眼神。
史可法原先还以为耳背听错了，看到其他人的反应后，这才确定没听错，他皱着眉头道：“本朝无勋臣入阁例。”