于是内阁的东林们不干了，朝中的东林们不干了。
内阁首辅史可法带头上疏反对皇帝发中旨任命路振飞、陈奇瑜、堵胤锡等为部堂官，明确表示抗议。
史可法在奏疏中摆事实，讲道理：“王者爵人于朝，与人共之。祖宗会推之典，所以行万世无弊也。”
这句话的表面意思是英明的君主要选拔官员时是会和大臣们商议的，而不是一意孤行，照个人的喜好来。再说大明的列祖列宗所沿行的“会推”制度是完美无缺的，因此我们更应该无条件地尊重并坚持奉行。
当然，还有不能明说的隐含意思：家将勋臣，内官陛下想怎么赏就怎么赏，想直接插手朝官大臣的任命，削夺内阁职权，没门！
这史可法太狠了，没两句就把祖制搬出来了，还顺手把用人问题提升到了伦理孝道的新高度，一下就把朱由渠踢入了进退维谷的境地。
不甘心的朱由渠又派心腹伴当田成再次将诏书送至内阁，并下旨，就按朕说的办！
大学士史可法、高弘图等人也都是硬骨头，丝毫不给朱由渠面子，又活生生地把中旨顶了回去，而且这次还拉上了负责监察吏部任免的吏科给事中章正宸一起将中旨封好，让太监田成原样退还朱由渠。
朱由渠又见田成手里拿着那道中旨跑了回来，心里的火就不打一处来，马上又命令再给内阁送去。
眼见朱由渠和内阁，双方谁都没有让步的意思，就这么僵上了。
最后还是次辅马士英出面调和，想了个折中的处理办法，新朝伊始，首辅史可法也不想将君臣关系弄得那么紧张糟糕，于是退了一步，采纳了马士英的意见。
大内。
“诸位阁老让奴婢给皇爷传个话，见白（路振飞）、玉铉（陈奇瑜）、仲缄（堵胤锡）等才望堪用，而中旨必不可开。”
这意思是说路振飞、陈奇瑜他们都是人才，可以用，但是中旨就免了。如果没问题，内阁会负责廷推他们当各部堂官。
朱由渠知道这已经是内阁的底线了，不想将精力再耗费在这种无谓的争斗上，便见好就收，不再折腾了。
……
就在大明君臣为了争夺人事任免权彼此撕逼的时候，北方的形势已经逐渐明朗下来。
自李自成攻破北京后，开始变得骄奢起来，还纵容手下士卒抢掠，军纪越发败坏，同时为了筹集军饷，大肆拷掠明官，四处抄家，捐资助饷，连准备投降的吴三桂家也难以幸免，逼得吴三桂再次倒戈，退回山海关，引兵对抗。
四月十二日，李自成亲率十万大军奔赴山海关征讨吴三桂，战至四月十八日，吴军渐渐不支，吴三桂乃降于正率大军打算趁机入关夺取天下的清朝摄政王多尔衮，一片石之战，清、吴两军联手，击溃李自成十万大军，主将刘宗敏受伤，急令撤退。
十九日，李自成带着三万余败军逃回京城，二十日在北京匆忙登基，同时怒杀吴三桂家大小三十几口，称帝一天后，于次日逃亡西安，由山西、河南两路败退。
大同镇总兵姜瓖接受清廷招安，山西落入清廷手中，各地投降的明军纷纷叛乱，轰轰烈烈的大顺新朝，转眼覆灭。
多尔衮率大军入关之后，先为崇祯皇帝大办丧事，收揽民心，然后大举征用前明官员，归还士绅地主被大顺军夺走的田产，废除匠户贱籍制度，甚至假惺惺地宣布暂缓剃发，和草莽枭雄李自成比起来，他的手段无疑强了太多。
大明昭武新朝建立的时候，正值吴三桂降清，联兵击败大顺军，占领北京。南京诸臣由于情报不明，对吴三桂同清朝的关系并不清楚，以为是吴三桂借清兵击败了“闯贼”，收复神京，一个个兴高采烈，称之为“功在社稷”的“义举”，也幻想着可以借清军之力灭掉“流寇”。鉴于朝中上下人心思变，士气低下，战斗力堪忧。于是就有人想起了“借虏平寇”的“高招”。