火枪什混用西班牙轻重型火绳枪。3排4列12人一什。一排重型火绳枪（就是班九铳用木架托着射击）用于远距离射击。50步75米以上射击。后2排轻型火绳枪，75米以内射击，能确保有效命中率。
两队杀手什，两队火枪什，共48人，外加正副官两名，再直辖一个虎蹲炮4人组。一旗共有54人。
四个旗216人称局，设正副把总官，各配五个亲兵，负责护将、掌旗、传令等职责，一局共计228人。
四个局912人称部，设正副千总官，有直属有两什卫兵。卫兵负责护旗和击鼓吹号向全部传达命令及保护主将的任务。
部直属8人组炮队佛朗机炮2门、8人组4磅红夷炮4门、10人组6磅红夷炮1门。
另有镇抚一名，直属辅兵一百，负责军中教化，粮饷运筹，全部财务、修路搭桥、填土挖坑等后勤辎重及工程之事。
医官一名，下辖医护兵五名，组织医疗队，负责进行军队医疗和战时救治。
一个千总部人数总计1098人。
两个部合称营。
每营主官称参将，是一营主帅，直属有一旗卫兵和一名亲卫总旗、小旗，职责同上；营还有副统领一名，称游击，直属有一什卫兵；营镇抚一名，直属辅兵三百，职责同上；督军一名，直属督兵队两百人，负责维护军纪、军法惩处，军功记录，阵前督战（注：督兵直属督军，防止军官叛乱）。医官一名，下辖医护兵二十名，组织医疗队，负责进行军队医疗和战时救治。
一营还有直属的一个局的2门10人组8磅红夷炮、4门10人组6磅红夷炮、8门8人组4磅红夷炮、4门10人组千斤弗朗机大炮、6门8人组三百斤小弗朗机炮的混合炮队。
此外还有2到3个局的骑兵队，一个旗的斥候队，人数总计约3600人。
两个营合称镇，镇设总兵官一名、副将一名、镇抚使一名、督军使一名，总医官一名。
其中镇抚使直辖一个部辅兵约一千；督军直辖两个局督军队约五百；总医官直辖一个旗医护兵约五十。
一个镇还有直属一到两个部的骑兵队、一个局的斥候队、两到三个局的混合炮队，共有约二十门大小佛朗机炮，三十门大小红夷炮。再加上木匠、铁匠、皮匠、火夫，医士等后勤人员，一镇总计战、辅兵约9500人。（骑兵、炮队这些都是理想中的兵力火力配备，事实上由于缺乏足够的马匹和火炮，肯定会缺额不少），加上辅兵，一镇的实际兵力约8500余人。
辅兵的要求虽然没有战兵那么高，但也不低，新军制里辅兵也列入军籍编制，平日里和战兵一同出操，战时承担运送粮草，军械、搭桥、建营等后勤任务，战时尽量少雇佣民夫，以免出现意外导致战败，必要时，要和战兵一起战斗。可以说，新军里，辅兵的战斗力只是略输于战兵。
月底淘汰进行到最后的时候，朱由渠亲自坐镇考核，不少新兵因为成绩不合格被清退出战兵序列，或转入辅兵，或开革出营，容不得一丝徇私枉法，这支新军可是未来的保命符，命根子。
全军分为什、旗、局、部，营、镇、军（注：营为现阶段设置的基本作战单位。镇是中央和地方常设的最高作战单位，军则是战时编制，战后解散）。
陆师各营头主官从低到高依次为什长、总旗、把总、千总、参将、总兵，提督。
新的营制取消了大明后期军中的顽疾家丁制，说起家丁，这个词在明末出现得比较多，比如万历二十一年朝鲜之役，大将李如松不欲他兵分其功，潜率家丁二千人，参加碧蹄馆战斗。一般而言，军队里的家丁出现于明万历初期，以前只有护卫主将的亲兵。
家丁有招募者，有抽调于卫所者，也有将领的子弟。他们都是为将者的心腹，相对于普通军户，他们待遇优厚，家丁死了有抚恤，残疾了家主会养老。他们的装备精良，饷银优先供应，甚至家主以吃兵血，克扣军饷，盘剥其他士兵的饷银来养活这些家丁。