诏曰原武英殿大学士赵谦继续担任兵部尚书，并进内阁辅大臣。因内忧外患，军务紧急，设军机处，处理日常事务，提高效率云云。
于是内阁实际上被架空，真正的权力中心，在军机处。而军机处又是由赵谦一手把持，新机构没有明文规则，也没有传统可循，一切都变成军政**。
同时，赵谦借皇帝之手布募兵诏书，诏天下臣民参军御敌。
不久，已经入关的满清在北京经过一系列内部斗争，也确立了合法政府，同样是小孩子的爱新觉罗?福临登上了帝位，多尔衮任摄政王，年号顺治，以次年为顺治元年。
至此，神州大地上就有三个影响比较大的皇帝，一个便是清帝福临，一个便是大顺李自成，年号水昌（明朝属火），另一个自然就是南京的弘光帝朱慈炯。
占据北京的清国实力明显最大，很快展开了攻势姿态，以吴三桂的关宁军，大将军多铎等人统率的八旗军为主力，西取潼关，对付李自成。
满清的主要兵力对付李自成，一方面他们觉得南明苟延残喘，不足为患，一方面也是借灭李自成之机，笼络汉臣。但另一部分清军及汉军也在向南扩张，取山东江苏等地。
六月，清军攻陷徐州萧县，并挥军南下。徐州知府执行剃令。城内外人民不约而同地起兵，赶走了知府，并推举士绅黄曾为主持大计，共拒清兵。
黄曾等人纠合义兵，整饬编练，坚守徐州。清军攻城，义军困守孤城1o余天，终因连天大雨，城墙倾塌，被清军攻入城内。黄曾等人自杀殉国，清兵屠杀城内百姓十万余人。
不久，义士朱瑛乘清军退出徐州，重新入城，重兴义旅，再度举起抗清大旗。清兵进攻，城池再次为清军所破，城中百姓又一次遭到惨酷的屠杀。
诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。
四日后，天始霁。道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。
大屠杀的消息传至南京，汉人愤怒异常，要求明军立刻北伐，报复满清。
赵谦看着街面上情绪激动的百姓，乘马车来到了军机处。军机处就在奉天门广场的西侧，以前的五军都督府。
军机处大臣包括韩佐信、邹维涟、史可法、张岱等人，全是赵谦心腹。此时已在府内等候赵谦。
赵谦入，与众人执礼罢，坐上了席，仆人上茶之后，退了出去，门外是孟凡手下的心腹侍卫把手，无人能入。
赵谦问韩佐信：“征兵进行得如何了？”
韩佐信翻开账簿，先没有说征兵的事，只说道：“浙直、福建等地税收及海事衙门收入，除去宫内、各地衙门、官饷等开销，每年能结余一千二百万两，西虎营目前有将士两万，人均月饷一两五钱，按十二个月算，每年开销军饷三十六万两，弹药粮草军械修缮换新，人均每月耗费白银五两，每年开销军费一百二十万两，西虎营两万人每年需要耗费白银一百五十万六万两……”
众人听罢默不作声，都不知道韩佐信葫芦里卖的什么药。
“……海军计有船员一万人，陆战队一万五千人，共两万五千人，这两万五千人每年耗费白银两百一十二万两。大明精锐军团四万五千人，每年就要耗费白银三百六十八万两。如果依照这种规格扩军，需要建造战船、制造新式火器装甲，恐朝廷入不敷出，兵力数量有限，难以应付四方战局。”
赵谦黯然道：“新军装备依靠手工制造，成本确实太大。”
韩佐信趁势提出要求：“如此规格的军队，有四万余人，朝廷负担已经够重了。普通军士军饷粮草等全部耗费，每月不过二两，卑职建议大人新扩军队，按照常例装备训练。”
张岱不满道：“新军战力强悍，何必舍长而求短？”
赵谦摇摇头道：“佐信所言极是，咱们也得考虑财政能不能负担不是。况且目前的形式，错综复杂，进攻和防御，都需要大量兵力，人少的话，分散开来，无法挥步炮骑协同威力。我以为，还是依照佐信之议，扩充常规军团，壮大大明实力，先应付眼下的紧急。”
邹维涟举手附议，史可法也附议，少数服从多数，韩佐信的议案瞬间通过。**在战争状态下的效率马上显现了出来。
韩佐信听罢说道：“如果是这样的话，普通军士每月开销二两，十二个月二十四两，最多还能养士三十三万，目前招募壮丁有十余万人，还需要一时间招募并训练，训练军费及装备马匹，可从库存银两中支出。大人需要再增三十三万兵马么？”
“自然是越多越好。”赵谦说道，“这三十三万兵马训练完毕，能上战场需要多少时间？”
“最快一年。”
赵谦皱眉道：“现在清军主力攻潼关，东面压力较小，正是北伐大好良机，如果再等一年，万一李自成在这时间内被灭，清军叛军主力全力对付我等，那时战机太少……”