洪荒时期，生存的环境还是极其危险的。，尽在不但有变幻莫测的天气，还有无数毒虫猛兽无一不在威胁着人族的生存。在定完天下钱币流通与尺度后，神农看着族人们不断的被病痛侵扰，看着族人们不断的用生命来判别各种动植物是否可以食用，是不是有毒，能不能加以利用。
生病的族人往往就意味着生命的消逝，每一种毒物，往往都要付出几条人命或者更多。神农为了自己的族人，开始继五谷之后，做出的第二件造福洪荒的大事，神农决定亲自尝百草。
人族之中臣民、士卒无数，哪能让共主亲身犯险？故而人族中的大臣们纷纷阻止神农的行为，可是神农丝毫不为所动。
在交代好族中之事后，神农带着一批臣民，从陈出，向西北大山走去。神农在身边准备了两条袋子，左边的装能吃的，右边装有毒的。他们走了很多的路，腿走肿了，脚起茧了，还是不停地走，整整走了七七四十九天，来到一个地方。只见高山一峰接一峰，峡谷一条连一条，山上长满奇花异草，大老远就闻到了香气。
神农他们正往前走，突然从峡谷窜出来一群狼虫虎豹，把他们团团围住。神农马上让臣民们挥舞石斧石矛，向野兽们打去。打走一批，又拥上来一批，一直打了七天七夜，才把野兽都赶跑了。那些虎豹蟒蛇身上被石斧石矛一条条一块块伤痕，后来变成了皮上的斑纹。
这时，臣民们说这里太险恶，劝神农回去。神农摇摇头说：“不能回！天下黎民病了没医的，中毒了没法救，我们怎么能回去呢！”他说着领头进了峡谷，来到一座茫茫大山脚下。
这山半截插在云彩里，四面是刀切崖，崖上挂着瀑布，长着青苔，溜光水滑，看来没有登天的梯子是上不走的。臣民们又劝他算了吧，还是趁早回去。神农摇摇头：“不能回！天下黎民病了没医的，中毒了没法救，我们怎么能回去呢！”
他站在一个小石山上，对着高山，上望望，下看看，左瞅瞅，右瞄瞄，打主意，想办法。后来，人们就把他站的这座小山峰叫“望农亭”。
然后，他看见几只金丝猴，顺着高悬的古藤和横倒在崖腰的朽木，爬过来。神农灵机一动，有了！他当下把臣民们喊来，叫他们砍木杆，割藤条，靠着山崖搭成架子，一天搭上一层，从春天搭到夏天，从秋天搭到冬天，不管刮风下雨，还是飞雪结冰，从来不停工。整整搭了一年，搭了三百六十层，才搭到山顶。
这就是后世神农架的由来。
在山上，白天，神农领着臣民到山上尝百草，晚上，他叫臣民生起篝火，他就着火光把它详细记载下来：哪些草是苦的，哪些热，哪些凉，哪些能充饥，哪些能医病，都写得清清楚楚。
有一次，他把一棵草放到嘴里一尝，霎时天旋地转，一头栽倒。臣民们慌忙扶他坐起，他明白自己中了毒，可是已经不会说话了，只好用最后一点力气，指着面前一棵赤色的灵芝草，又指指自己的嘴巴。
臣民们慌忙把那红灵芝放到嘴里嚼嚼，喂到他嘴里。神农吃了灵芝草，毒气解了，头不昏了，会说话了。从此，人们都说灵芝草能起死回生。臣民们担心他这样尝草，太危险了，都劝他还是下山回去。他又摇摇头说：“不能回！天下黎民病了没医的，中毒了没法救，我们怎么能回去呢！”说罢，他又接着尝百草。
因为尝百草，神农时时刻刻把自己至于危险之中，有一天他见到一种开着黄色小花的小草，那花萼在一张一合地动着，他感到好奇，就把叶子放在嘴里慢慢咀嚼。一会儿，他感到肚子很难受，，肚肠就一节一节地断开了。
正当神农疼痛难忍，一众臣民束手无策之时，在众人面前出现一道人，只见那道人长得高高瘦瘦的，面庞有如刀削，鼻直口方，细目长眉，头戴金冠，身穿赤红色道袍，众人认得这是那曾见人族祭天大典上现身的人教教主太清圣人门下弟子玄都**师。
玄都**师拿出两颗药丸塞入神农口中，片刻，神农腹痛消失，断肠草之毒以解。
神农起身向玄都**师躬身一礼道谢：“烈山为人族辨百草，虽万死而不悔，但只怕未能完成此大业，还请仙长助烈山一臂之力。”
看着眼前面色坚定地烈山，纵使是玄都**师心里也不由得一丝感动，“不愧是人族共主，天定人皇。”
扶起眼前，玄都**师正色道：“此等造福百姓之事，贫道义不容辞。”说着玄都**师从怀中取出一物交给烈山道：“此物乃教主为你所炼，名为赭鞭，用此物触及植物可用来鉴别百草的药性，由此物相助可辨百草。”
“多谢教主。”神农接过赭鞭向那三十三天外躬身一礼向老子拜谢。
此后神农尝完一山花草，又到另一山去尝，还是用木杆搭架的办法，攀登上去。一直尝了七七四十九天，踏遍了这里周围的山山岭岭。他尝出了三百六十五种草药，
神农尝完百草，为洪荒人族找到了医病的草药，便准备下山回去。他放眼一望，遍山搭的木架不见了。原来，那些搭架的木杆，落地生根，淋雨吐芽，年深月久，竟然长成了一片茫茫林海。
神农正在为难，只见那玄都**师再次飘然而至，护住神农及随其上山的几位臣民，使他们下山去了。
为了纪念神农尝百草、造福人间的功绩，老百姓就把这神农尝百草的一片茫茫林海，取名为“神农架”。
神农回到部族之后，就回到自己的大帐开始整理自己这些年尝百草的认知，经过两年的时间，神农终于完成了洪荒中第一部医术：《神农本草经》。
却说神农在家修注《百草经》之时，却不免冷落了家人，神农有个女儿名叫女娃，最得神农喜爱，却也是非常懂事，他见父亲忙碌便也不去打扰，只和部落中的小孩一起玩耍，一日女娃出门玩耍，却看见一个大孩子把小孩子当马骑。小孩都累爬下了，大孩子还不肯罢休。
精卫走过去，指着大孩子的脑门怒斥道：“你这个人太不知羞耻，欺负小孩子算什么本事。”
大孩子见精卫是个小姑娘，生得单薄文弱，根本不把她放在眼里。他从小孩背上跳下来，走到精卫面前说：“我是东海龙王的三太子，你是什么人？竟敢来管我！”
精卫听他如此说道便说：“龙王的儿子有什么了不起，我还是人族共主神农的女儿呢。”
这龙王三太子一听精卫是人族共主之女想到自己在的确不是其对手，便狠狠的瞪了精卫一眼走了。
几天后，精卫到海中游泳，正玩得十分开心，刚巧让龙王三太子现了。他游过来，对精卫说：“那天在你仗势欺我，今天你跑到东海中，看你还怎么嚣张，赶快认个错，不然我兴风作浪淹死你。”
精卫倔强地说："我没错，认什么错。”龙王三太子见精卫倔强，根本没有服输的意思，立即搅动海水，掀起狂风恶浪，精卫来不及挣扎，就被淹死了。
精卫死后，变成一只红爪白嘴的小鸟，立志要把大海填平。她用嘴衔来石头与树枝投向大海，并出"精卫，精卫"的叫声，像是在激励自己。她年年月月，永不停歇。那龙太子却是不知此事已为他自己结下因果，日后难免偿还。
当神农得女儿之死后不由得悲痛万分，在悲痛之余，便将人族之事交与手下处理，自己在帐内一心修注《百草经》。
洪荒之北有个大部落，乃是由畎夷、于夷、方夷、黄夷、白夷、赤夷、玄夷、风夷、阳夷九个部落组成，合称九黎或九夷，每个部落之下，还各有九个氏族，共计八十一个，人口之繁盛，实力之庞大。当有熊轩辕降生过后不久，九黎也得了一子，生有一十七斤重，七岁方出口能言，自改名姓为蚩尤，长至如今已是十三岁，身高两丈，不拜天地，不尊三清圣人，不修世间道法，天生便有千钧神力，徒手撕裂虎豹犹如儿戏，一身凶悍煞气，洪荒异兽亦是不敢招惹于他。如此武勇，族长黎軗素来看重，有意立其为继位人选。
这蚩尤何许人也？前世乃是十二祖巫之下，巫族有数的大巫之一，当年天庭巫妖大战，命殒群妖手下，不过他倒是个异数，别个巫族，哪怕祖巫一流，身死也自真灵消散，独独唯他一个，却能去六道轮回投胎转世，而今得成*人身，七岁灵智大开，明了前世种种。他又怎是甘于寂寞之人，虽说数年来处心积虑，继任九黎族长之位并不为难，但一念及巫族式微，实是生平一大恨事，思来想去，不若召集巫族余众，壮大九黎一族，到时征战杀伐，一统洪荒人族，巫族固然可以重兴，占得人族高位，自己更是独霸人皇之位，岂不快哉？