于是神战纪元第九百八十年，从不加入具体争斗的女娲，在苦劝神族和解未果之后，不忍自己创造的人族子民灭绝，终于收回缥缈的神思，将目光投注在下方这片热土上。在人族已经丧失所有反抗力量的情况之下，女娲大神挺身而出，与冥顽不灵、目空一切、肆无忌惮的五大魔神直接大战。神族五魔神，本就是诸神之纪高居于所有生灵最顶端的卓绝人物；他们再加上直接承继太古盘古混沌力量的太古五魔兽，力量可谓冠绝宇宙。在同女娲开战之初，这五大魔神魔兽，竟是丝毫不惧，奋力搏击之下，竟然抵挡住女神横扫一切的太初神力，堪堪打了个平手。
这是，代经传承的五魔神、还有只不过是盘古残躯所化的五魔兽，如何能是盘古大神精髓所化的三皇力量能敌？在这搅动乾坤、震颤宇宙的绝世大战最后，洞察一切的纯洁女神，所有对堕落三族的失望和悲愤都化成无尽的哀伤，并落下哀婉的泪水。
晶莹的女神之泪，在鸿蒙初始的微光和映亮宇宙的星辉中，化成纷扬宇宙的冰雪。它们带着宇宙终极的力量，将狂妄的五魔神击倒。那些懵懂无知、助纣为虐的太古五魔兽，在充斥宇宙虚空的冰雪中被女娲炼化成五颗灵珠。这便是后世闻名的水、火、土、风、雷五大灵珠。
而上古五魔神、太古五魔兽，力量实在太过强大了，并且又是天生应运之物，纵使大神女娲也不能将它们彻底封印销毁。某种角度，女娲造就的这五灵珠是镇狱之门，她决定把它们放在人间，不停地宣泄它们强大的五灵之力，用红尘俗世的锁絜达到削弱它们戾气的目的——但是这时间，实在太漫长了……
不管如何，女娲打倒了五魔神五魔兽，并封印成五灵珠。借助五灵珠那磅礴可怕的力量，女娲炼成了五色石，将不周山柱倾颓导致的天窟补齐。当女娲的力量介入之后，绵延了千年的上古三族诸神之战，注定走向终结。
恐是天有定数，恰在神战纪元第一千年这个应劫之数，女娲和另一位上古祖神伏羲在宇宙的虚空中谈判。在这一场秘密的会面过后，伏羲勒令神族宣告停战，并让这些已经开始丧失本心的神族子民，永久地退出大地空间。从此以后，曾经耀武扬威的上古神族，将在浩渺无涯的虚空神界重新修身养性，找寻失落已久的本心。
上古诸神之纪的三族千年大战，至此终于熄灭了最后一缕硝烟，落下它可悲可叹的帷幕。
曾经都为本族有一个更好未来而奋勇作战的三族，在这一刻，看到的是什么？是支离破碎的大地，是颠沛流离的生灵。他们得到的是什么？已经永恒逝去的亲朋火热生命，正在纷扬宇宙的女神冰冷之泪，还有深隐在内心的那一声悲伤苦涩的叹息……
作为千年大战终战象征的五灵珠，究竟代表着什么？没有人知道。包括后世机缘巧合、辗转得到它们的人们，也永远不会知道五灵珠真正意味着什么。有人说，这里面封印着太古五魔兽。有人说，上古五魔神的部分魂魄也被拘禁在里面。也有人说，这五颗灵珠只不过是空间之门，如果能打开它们身上的封印，便能直达太古五魔兽被囚禁的虚空神狱。
事实的真相，已经随着时光的流逝，越来越趋于湮灭。五灵珠、上古五魔神、太古五魔兽，真实的面目已经渐渐成为散逸在风中的传说。不过有一点可以肯定，得到这五颗灵珠，就可能得到太古五魔兽那神奇、强大的五灵力量，从而成为站在这个世界上最顶端的强者。
还有专门研究五灵珠的智者说，那五颗灵珠，等于是太古五魔兽、上古五魔神与女娲封印力量的集合。总之随着真相被时光掩埋，最初的事实落满了历史的尘埃之后，五灵珠渐渐成为后世六界三族不少有心人觊觎的对象。
渐渐地，通过五灵珠中封印的太古灵魔之兽能触碰到天地初创时的宝贵信息，从而窥视诸神诞生的秘密——这一个其实蕴含着惊天价值的事实，却反而被大家渐渐地遗忘……
在后世六界三族的纷扰中，在生灵历史永恒的遗忘中，反倒是有一个谣言开始悄悄地萌芽和流传。它说，谁能集齐五颗灵珠，便能让太古五魔兽重新合体，从而拥有超过上古三皇的盘古力量，能够随心所欲地让这个世界灭世重生。到那时，五灵珠的主人就能成为新世界的唯一创世神……