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朱儁又煞有其事地说：“这可是董相国告诉我的，否则，我怎能知道？”使者没办法，只好回去复命。此事于是作罢。
公元191年（初平二年），董卓进入关中后，留朱儁守洛阳，朱儁便和山东诸将通谋，想作内应。
后来，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。董卓任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳。
朱儁闻讯，率兵还洛阳，杨懿退走。朱儁见河南残破，无法作为屏障依靠，于是引军向东面，屯驻在中牟县。并传信给各个州郡，召请部队讨伐董卓。
徐州刺史陶谦派来精兵三千。其他州郡也派了一些兵来，陶谦便上表奏任朱儁代理车骑将军。
董卓闻知后，让他的将领李傕、郭汜率领数万人屯驻河内抵挡朱儁。朱儁出击，被击败。朱儁自知众寡不敌，于是停留关下，不再前进。
公元193年（初平三年），李傕、郭汜掌权。朱儁当时还在中牟，陶谦认为朱儁是名臣宿将，屡立战功，可以委以大任，于是和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
正好李傕听从太尉周忠、尚书贾诩的计策，派人用天子诏书征召朱儁入朝。两条道路，摆在面前，何去何从，亟待选择。
军吏将士都不愿入关，想与陶谦等联合。朱儁却不慌不忙，说出了一番道理。他说：“用天子的命令召臣子，应当不等征召就要去，何况是天子的诏命呢？而且李傕、郭汜是奸乱小人，樊稠是平庸无用的人，没有别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必定发生。我乘他们的不备，突然行动，那大事就可以成功了。”
当下辞谢陶谦等人，奉诏入京任太仆。陶谦也只好作罢。
同年，朱儁接替周忠为太尉，录尚书事。
公元194年（兴平元年）秋，朱儁因日食而免职，又奉命代理骠骑将军职务，持节镇抚关东，但未出行。
公元195年（兴平二年）二月，李傕杀死樊稠，郭汜自疑，又与李傕相互攻杀，长安大乱。
朱儁留京没有出行，任大司农。李傕劫持献帝到自己的营中，献帝命朱儁和太尉杨彪等十多人去说服郭汜，让他与李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、杨彪等为人质。朱儁的性格刚猛，当日便过于愤怒发病而死。
朱儁镇压黄巾，手段过于血腥。但他不附董卓，明显其节，讽刺迁都，曲表其愤，欲乘傕、汜，更见其深谋远虑。对此，则应一分为二地给予评价。
范晔《后汉书》曾经评价道：“皇甫嵩、朱儁并以上。将之略，受脤仓卒之时。及其功成师克，威声满天下。值弱主蒙尘，犷贼放命，斯诚叶公投袂之几，翟义鞠旅之日，故梁衍献规，山东连盟，而舍格天之大业，蹈匹夫之小谅，卒狼狈虎口。为智士笑。岂天之长斯乱也？何智勇之不终乎！前史晋平原华峤，称其父光禄大夫表，每言其祖魏太尉歆称‘时人说皇甫嵩之不伐，汝豫之战，归功朱儁，张角之捷，本之于卢植，收名敛策，而己不有焉。盖功名者，世之所甚重也。诚能不争天下之所甚重，则怨祸不深矣’。如皇甫公之赴履危乱，而能终以归全者，其致不亦贵乎！故颜子愿不伐善为先，斯亦行身之要与！”“黄妖冲发，嵩乃奋钺。孰是振旅，不居不伐。俊捷陈、颍，亦弭於越。”
同韩馥一家人吃完午饭，李忠便告辞了，带着近五万幽州虎豹铁骑朝南而去。
而韩灵儿吃完饭就一个人回到闺房去了，弄得周氏韩馥有点摸不着头脑。
“汉升，公明他们什么时候到？”，李忠问道。
“主公，今天下午公明将军就可以同咱们汇合了”，黄忠说道。
李忠点点头，说道：“好吧，咱们走吧，到前面去等他们”。
随即近五万铁骑卷起一阵尘土朝南飞奔而去。
广平城下，此刻黄巾大贤良师张角已经将卢植率领的汉朝主力近四万人围在了城里，形势对他们一片大好。
“启禀大贤良师”，一名黄巾军军官来到张角大帐喊道。