马士英见自己的公开推荐引来了一大堆对自己有害的言论，他便改变策略，躲在幕后，通过勋臣安远侯柳昌祚出面，疏荐阮大铖为兵部右侍郎。柳昌祚的疏荐，又遭到了不少人的反对。刚从杭州被召到南京，曾任工部左侍郎、都察院左都御史等官职的著名学者刘宗周向福王进疏说：当初许多忠臣被魏忠贤杀害，阮大铖是主使。阮大铖的才学即使可用，也只不过是结邪党害正人的才学，对于国事终将有害。阮大铖进退，关系到江左的兴亡，请求收回成命!
面对阮大铖起用问题所引起的风波，福王也举棋不定。可惜的是，福王考虑问题的出发点，只局限于个人的荣辱。福王一直认为自己能够上台称帝，全靠马士英，马士英即使有什么过错也应当保护他。福王想，万一马士英失势，又有谁会真心拥戴他？马士英为了巩固他的地位而引荐阮大铖，也无大碍。想到这里，福王便作出决定，下了一道谕旨，批驳了刘宗周的意见，决定起用阮大铖等人。
不容申辩的斥责，使人无法再提出不同意见。就这样，阮大铖便当上了兵部右侍郎。从此，马士英与阮大铖事实上控制了南明的朝政。
马士英拥有了自己的集团，控制了朝中的权力，这对于史可法的威胁就更大了。如果再与之抗衡是十分困难的。
五、忠臣壮烈殉国，奸邪抢权安内
史可法与马士英之争，是典型的奸与忠的争斗。而当这种权力之争出现在国破家亡之时，则更多地体现了一种悲哀与苍凉。
清兵占领了北京之后，阮大铖曾安慰马士英不必忧虑，说北方几省是流寇(指农民起义军)的天下，清兵与流寇争夺，他们可以坐山观虎斗。如果清兵南下，大不了割地求和，江南半壁仍能保全。
在阮大铖的策划下，马士英还亲笔草拟了议和的书信，派人到北京与清兵谈判。马士英议和的条件是：(1)改造北京的万寿山，作为先帝崇祯的陵寝；(2)将山海关以外的土地割让给清军；(3)每年给清廷交纳十万两白银。
对清兵，讲议和；对内部持不同意见的官员，则严加防范，竭力排挤，故意陷害。譬如对左良玉，阮大铖就认为，抵御清兵重要，防备西兵(指在武昌的左良玉)更要紧。福王便下旨令沿江各州县征集民工自带干粮柴火，不分昼夜筑城堡，弄得百姓苦不堪言。
再如对刘宗周，因为他反对阮大铖，马士英咬牙切齿地发誓：刘宗周奸贼，必斩其头!他们散布谣言，说刘宗周反对福王，企图另立，逼得刘宗周上疏告退。东阁大学士高宏图，因竭力反对起用阮大钺无效，一气之下，辞官离京，因无家可归而流落他乡。礼部尚书姜日广也竭力反对起用阮大铖，结果遭到了马士英等人的百般攻击，只得要求辞官回乡。
随着许多主持正义的大臣纷纷离职，南京城许多反对马士英、阮大铖的官吏也遭到了迫害。有个叫周镳的，因为当初曾痛骂过阮大铖，就被阮大铖诬蔑为姜日广的“私党”，遭到了逮捕。阮大铖又故技重演，仿照当年在魏忠贤手下编制东林党人黑名单的做法，搞了一本《蝗蝻录》，用“蝗”指代东林党，用“蝻”指代当时与东林党持同一观点的文入团体“复社”，把许多反对他们的知识分子的名字编了进去，妄图将他们一网打尽。饱食终日无所事事的勋臣刘孔昭等，却得到了加官进爵。
史可法带兵在外，听到了朝廷的这些消息，忧心如焚。史可法不止一次地给福王上书，规劝福王。史可法说，几个月来，陵寝荒芜，山河鼎沸，复仇的队伍还没有派出，前方的防线还没有牢固，面对此情此景，我们即使卧薪尝胆，尚恐无济于事，可现在朝廷中又干了些什么呢？史可法主张：凡是不急的工程，应立即停止；可省的花费，应坚决节省；早晚之晏乐，左右之献纳，要全部谢绝。即使事关庆贺典礼，也应一概俭约。史可法还出自肺腑地这样写道：皇上此时的一举一动，都关系到人心的向背，影响邻国的态度，因此一定要深思熟虑，谨慎从事。为了保祖宗的宏业，为了复先帝的深仇，请皇上一定要振作全朝官员的精神，汇集全国四方的资财，将全部精力集中在选将练兵的大事上，这样才能鼓舞人心，恢复大业。
可惜的是，史可法的这些由衷之言，腐朽的弘光朝廷根本不会采纳。
为了保护自身的利益，马士英派遣阮大铖、朱大典、黄得功、刘孔昭等率领兵马打击左良玉，还把驻守在江北的刘良佐的人马，调到了南京城的西边，这样淮、扬二州的防御更加薄弱。
当时，清兵日趋南下，大理寺少卿姚思孝、御史乔可聘等人请求不要撤掉江北的军队，应当让他们坚守淮、扬二州。然而，马士英根本不顾这一切，竟在朝廷上凶相毕露地指着反对与左良玉交战的官吏说：你们这一批人，都是东林余党，你们不过是想借口防御淮、扬，放纵左良玉这个逆贼进犯朝廷而已!你们应当知道，北兵到来的话，还可以议和、订约；如果左逆得逞，那末，你们可以获得高官厚禄，我与圣上就只能等死了!马士英接着又嚷道：必须坚决把刘良佐的兵马从江北撤回。叫嚣：宁愿死于北兵脚下，也不愿死于左逆之手!马士英还发出了“有异者斩”的死命令。
这样，福王一声不吭，许多官吏也无计可施。
那时，史可法正部署手下将军饷、辎重先行去往泗州，以便在泗州城与清兵决一死战，把清兵阻挡在淮河以北。不料福王竟亲自给史可法下了手诏，要他督领江北诸军入援南京，解除左良玉、左梦庚东进的威胁。