南路义军五千人，以庄大田为首，以凤山为中心，控制着台湾南端，手下大小头领有庄大韭、庄大麦、庄锡舍、王阮郭、简天德、许光来、李惠，以及原先的总教头，现在的副军师王敦。
北路义军一万人，以林爽文为首，以彰化为中心，下辖彰化、诸罗、淡水三县，控制着台湾北部。手下分为两部，彰化、诸罗两县盘踞着义军主力七千余，头领有刘升、陈泮、王芬、黄喜、张烈、林永、杨振国等，军师杨衮。另一部三千人，由王作、林小文、刘士贤为首，驻守淡水，军师陈奉先。
林爽文、庄大田二人主导的是民事，军中事务真正的主事人乃是杨衮、王敦和陈奉先。这三人立于上首，原本的七八十个手下就分散于万五军中，充任者中层头目。义军中的各大头领对此早已是心知肚明，对于杨、王、陈三人的身份也是一清二楚，所以极为听命。以往农民起义军中保存实力，争权夺利的事在义军中没有发生，因为他们都是中华国的内定官员，手下兵力的调整是上头的意思，想要爬高位靠的是战场上的表现，而不是内部的倾轧。
义军的这次整编完成的很顺利，在福建援兵登陆台湾前就完成了，还趁着锐气打下了鹿港，并“和平”进驻艋舺、后垄（今苗栗县后龙镇），实现了北台湾的全部占领。
一府二鹿三艋舺，为一句台湾谚语，说的是乾隆时期全岛三大城市的盛况。一府为今台南市，二鹿为鹿港，艋舺则为今日万华。此句反应台湾的由南至北的开垦史，以及各城仰赖海洋贸易的情况。鹿港名称的由来一说是因为荷兰时代此港口输出大量的鹿皮而得名。
鹿港位于台湾西海岸的中点。清治时期以前，港阔水深，距离大陆沿岸最近，因此自然成为一个繁荣的商业港口城市。乾隆四十九年，鹿港与福建蚶江正式设口开渡，从此开始鹿港的黄金时代，在当时是仅次于府城台南的全岛第二大城。
艋舺位于大嵙崁溪（今大汉溪），新店溪及淡水河交汇处，水运优越，可通达台北盆地大小聚落（如沪尾，锡口，景尾，新店，新庄，枋桥等地）。艋舺虽在内河，但淡水河水量充沛，货船可直航外地互市，乃经济发达之地。
在王作、林小文率军进攻淡水时期，克竹堑（今新竹市）斩杀淡水同知程竣，并一路攻下了三貂（今台北县），大鸡笼（今基隆市）、大甲（台中县大甲镇）、暗坑仔（金台北县）、金包里（今台北县金山鄕）等城镇。可是艋舺、后垄并没有攻下，因为艋舺守备易率500名营兵退出了城镇，将艋舺让给了粤籍的民军。当时广东籍贯的谢尚纪，钟瑞等人还从嘉志阁（今新竹县）招募来民兵两千人攻入了后垄。就此双方形成了对峙局面。
虽然心知粤籍的民军是心向满清的，可为了不激化闽粤移民之间的矛盾，王、林等人也只得忍了下来。但现在在粮米的帮助下，粤籍民军散去了一多半，余下尚不足五百人。
十二月二十一日，王作派李同、黄阿宁、林日光等率领800人“驻守”后垄，派吴异人、吴淑夜、游异、刘长芳等人率领1200人破易连所部，并进驻艋舺。至此，台湾北部全归入义军统辖。