满清对台湾的民生很随意，可对其的防务却十分用心。按兵部的底录看，此时台湾设有总兵官一员，驻府治，副将一员，驻彰化，左营守备驻诸罗，右营守备驻竹堑，共辖兵一万二千六百七十名。另有水师副将一员，统兵二千名，驻澎湖。
这一万二千余名兵士，都是从内地派拨的，调自福建各营，三年一换，不用台民。台湾吏治败坏，营伍废弛，不仅府州县官贪婪不法，总兵、副将等武官亦大谋私利，聚敛钱财。他们采取的主要敛银手段是卖放戎兵，将大批兵士私遣归返内地贸易，收受贿银，留在台湾的兵卒，亦令其每月缴钱，听其在营外住宿，“开赌窝娟，贩卖私盐”，“经年并不操演”，以致“存营兵少”，号称额兵一万余，实仅有兵数千。也正是因为期间的不同，才造成了乾隆的“无所谓”和常青等人的紧张。
自古以来任何时期的军队都不可能做到随即而动，接到军令后的水师提督黄仕简拖着老迈的身子跑到了厦门，筹集了粮秣、辎重之后领着金门，铜山的水师兵2000名，从厦门出港赶往鹿耳门。
这黄仕简同林爽文、庄大田都是同乡，漳州平和人。老头今年已经六十五了，可以说是年老多病，世袭其祖父黄梧的爵位，为一等海澄公，从军多年，历任衢州总兵、湖广提督、广东提督等职，最终积功升到水师提督的职位。
从乾隆四十四年以来，台湾如有发生战乱，都由黄仕简领军平定，因此他在台湾的名声响亮。林永这个时候正在府城大东门外虚张声势，见援军赶至，加上城内守军鼓噪说『黄仕简来了』，因而就顺势退了下来。十二月二十七日，林永退守大穆降，而庄大田也退守至大冈山。
不过现在这老头情况不大好，达台湾之后的黄仕简原本的风寒病情更加严重，在府城官署里卧床好几天，都无法起身处理军务。正月初七，他命令部将下令分遣兵力防守各要地，并以攻取诸罗为首要目标，认为：诸罗居南北之中，诸罗不复，无以通南北。
于是命台澎镇柴大纪领兵2000攻打诸罗。柴大纪准备了两天，于正月十日再出盐埕桥，并于翌日率部进驻湾里溪，与林永所部千余义军对峙。林永所部实力远逊于柴大纪所率清军，但柴大纪被林永的虚张声势搞的一头雾水，一时间拿不准注意，耽搁了两天的工夫。待回过神来，杨衮已经率义军主力回师大穆降，正赶上送上门来的柴大纪部。
湾里溪一战柴大纪再次败退，幸然游击蔡攀龙悍勇无双，柴大纪才得以安然推至盐埕桥。杨衮并没有再接再厉攻打盐埕桥，而是退至大穆降，屯军驻守防备鹿港之敌前来。
他先开始打的那一战实际利益不大，更多的是政治影响。鹿港城墙被摧毁后，城内民军士气大沮，人心已乱。杨衮故意扰而不打，第二天频繁佯攻并不断用弓箭射劝降书入城，大大加速了民军的溃散，最终在第三日大早打开了城门。
义军进入鹿港后秋毫无犯，对于林凑、黄邦、许伯达等弃械的泉州民军首领也不再追究，极大地安抚了泉州籍百姓的人心。这件事的影响很大，也很深远，远的不说就近处来讲，义军控制区的泉州籍和粤籍百姓闻之后人心顿时安定了下来，困扰义军根基的族群内斗在一定程度上得到了极大地缓解。
相对于远大的政治影响，义军所得的实际利益就少了很多了。鹿港内的官仓库存大都被运送到了府城，城内最多的就是粮食，可这玩意义军一是不缺它，二是因为这都是城内百姓的口粮，所以就没动。这也在很大程度上缓解了双方的敌对情绪，对于义军泉州籍百姓至少不感到惧怕了。