所谓“三藩”，是指在顺治皇帝主政时，派驻云南的平西王吴三桂、广东平南王尚可喜、靖南王耿继茂。
话说孔有德、耿继茂之父耿仲明、尚可喜三人，均属于辽东人氏，同为明朝将领。当努尔哈赤挥军攻占了辽沈后，他们三人便带着一众残兵败将去东江依附明总兵毛文龙。崇祯二年六月，明蓟辽总督袁崇焕擅杀了毛文龙，弄得东江大乱，明军自相残杀，孔有德等三人只能辗转流走，鉴于日暮途穷的情形下，竟然甘心投降后金。
对于他们的到来，皇太极居然亲自出城远迎，隆重接待，并一改旧时分拨降人隶属满洲八旗的惯例，授孔有德为都元帅、耿仲明为总兵官，率所部驻扎在沈阳；授尚可喜为总兵官，率所部驻扎在海州。其后，皇太极更改国号为清，首开异姓封王的先例，封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，成为直属皇太极的三位汉人藩王。崇德七年八月，皇太极将汉军原有四旗重新分为八旗，诣令孔有德、耿仲明、尚可喜分隶正红、正黄、镶蓝旗行走。
而吴三桂的先世是由安徽迁到江苏，最后入藉辽东。崇祯十二年，晋升为宁远总兵官。十五年二月，明清经过松锦一役，明朝十三万的军队却弄了个星散瓦解，近乎全军覆没，就连新任的蓟辽总督洪承畴也投降了满清。吴三桂幸得保命脱逃，一路收集溃散，其兵力不减反增，一力保守宁远。那时关外各城相继遭到清军攻陷，独有宁远岿然屹立，成为明廷所倚重的城防。
崇祯十七年三月十九日，闯王李自成统军开进京城，正式宣告明朝君亡祚灭。李自成挟着推翻明朝的神威，乃遣人招抚吴三桂，与此同时，清廷也多次遣书于吴三桂，许诺他若肯归降满清，便封赏他的故壤为领地，晋爵藩王，莫可说不舍得狠下重本。
吴三桂老奸巨滑，非常看得准世局进展，苦经一轮掂斤播两的思量之后，决意投降满清。四月，清吴联军在山海关一片石处大败闯王军，逼迫闯王军撤离北京往西后退。满清摄政王多尔衮爽快实践诺言，立即晋封吴三桂平西王爵位。至此，清廷所封汉人藩王已有四位。在这以后，四位汉人藩王奉命南征，击败了南明政权以及农民军余部，也曾为清朝一统版图做出不少的贡献。
顺治六年五月，清廷改授孔有德为定南王、耿仲明为靖南王、尚可喜为平南王。不久，耿仲明因隐匿逃人畏罪自杀，其子耿继茂代领父亲所部，袭封了王爵。
九年七月，南明晋王李定国统军攻拔了桂林，驻守在那的孔有德兵败自杀，其子也同样为清廷捐躯，部下则由其女儿和女婿、安义将军孙延龄统领。因为孔有德已死，王爵除去，导致四藩成了三藩。
十五年五月，顺治帝意想彻底消灭盘踞在广西的南明桂王政权，诰封洪承畴为太保兼太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，并授与经略大学士之印，经略湖广、广东、广西、云南、贵州五个省份，兼领江西，协调、总督各处军务兼理粮饷，谨慎奉行剿抚兼施的最高策略。
十四年十二月，顺治帝开始部署三路进兵贵州的方案。次年正月，顺利攻克贵州，遂乘胜进取云南。
十六年正月，吴三桂、宁南靖寇大将军罗托以及征南将军赵布泰等三路大军俱入云南省城昆明，南明永历帝等遁走永昌府，后避入缅甸，两广、云贵的局势基本底定。根据洪承畴的提议，顺治帝善意采纳，颁旨命平西王吴三桂驻镇云南、平南王尚可喜驻傎广东、靖南王耿继茂驻镇四川并于次年七月改驻福建。
说起三藩分镇，确实是取得了显著的效果：在顺治十八年时，吴三桂率兵入缅，强行引渡永历帝及其眷属，并且亲自用弓弦绞死了永历帝父子，云南才算真正平定。耿、尚二藩分守闽、粤，也曾有效地抵御台湾郑成功点数不尽的袭扰。
不过，世间诸事全是阴阳对立、利弊互易的，在天下初定后，随即而来的是三藩权势的恶性膨胀，渐制一方，严重威胁到清廷的权威，成为危害满清政权安稳统一的隐患。
尚藩私设盐商，据津口、立总店，任意抽剥，官方不能管、百姓不敢言；尚藩藩下所属的私市私税，每年所获便不下于数百万两。耿藩在闽横暴征税，苛征盐课，勒索钱粮，闹得是鸡犬不宁，民众生活在水深火热里头。
但是，论起尚、耿二藩的跋扈藐法，又哪里及得上吴藩的张狂！