在得到了曾皇的准许后，曾纪泽旋即赶回上海，第一步着手对他的东军进行了改组。
将镇守徐州的向望海等三个团编为第一师，向望海任师长。
刘铭传、吴长庆、潘鼎新三个团编为第二师，刘铭传任师长、潘鼎新任副师长、吴长庆任参谋长，其下各团长，皆由出类拔粹的黄浦系担当。第二师驻守新克复的镇江以及江北一带。
将张树声、张树珊、周盛波三个团编为第三师，作为总预备队，布置于淮安市。
将程学启等三个团编为第四师，布置于苏州一带。
将胡雪参训导师改近卫师，负责上海、松江、太仓、常熟一线的防守。
将南方军团编为第五师，该师辖四个步兵团，一个炮营，一个机枪连，重要长官皆为清一色黄浦系出身，装备最为精良，是为曾纪泽重点培养的嫡系部队，由陈庆国任师长、郑爽杰、许冠容分任参谋长与副师长。第五师驻守于嘉兴、杭州，负责江苏南面的防御。
同时，新编的三个团编为第六师，师长吴宗敏，参谋长李潜龙同为黄浦一期毕业生，且在南方军团的战斗中经过历练，该师驻防于上海近郊奉贤。
新组建独立炮兵团，团长许厚才，享受师一级待遇，该师拥有近一百门进口克虏伯后膛钢炮。
新建机枪营，营长郭颂贤，该营装备有二十五挺加特林机关枪。
值得一提的是，通过对上海武器制造局的步枪车间生产能力扩充，使得纪泽型步枪达到了每年五千条的生产能力，也因此，东军所属部队中。已有近三分之一装备了国产的步枪。而该枪所用子弹，则实现了完全国产化。
在短暂而有效地整编之后。曾纪泽立即做出了南征浙江地决定。调程学启第四师、吴宗敏第六师、郭颂贤独立炮兵团南下。会合第五师。组成强大地南征军。由自己亲赴前线指挥。南下进攻浙江。
四万大军于十一月初进抵杭州。曾纪泽并不急于借助强大地火力立刻发动进攻。而是令大军分囤积于杭州内外。大张旗鼓地显示军威浩荡。以展示出一种要与楚军决战于杭州地战略意图。
时值秋末。天气已凉。东军已开始更换冬衣。那是上海机器织布局批量生产地棉制大衣。那是曾纪泽一时兴起。按照二战德国地冬天军服所制。不但能够保暖。还使东军将士们外观上看起来十分帅气。与战壕对面敌营地楚军土里土气相比。对东军地士气加分是很有帮助。
“王爷。大军已经休息了十日。也该发起进攻了吧。弟兄们都等得心痒难耐了。”程学启大步入帐。向曾纪泽“抱怨”。
曾纪泽信步到到帐门口。遥望帐外绵绵秋雨。道：“时机还未到。等左宗棠把他地主力全部调来杭州。本王自会让你们杀个痛快。”
程学启若有所悟。问道：“王爷莫非是吸引楚军主力尽数来杭州。与之决战。将其一举歼灭吗？”
曾纪泽不语，以示默认。程学启道：“楚军原本就有五万之众，在南京拥立之后，左宗棠又迅速的扩军，现下除了湖州的一万多人外，左宗棠能调动的人马至少有五六万之众，而且这些人马还大多装备了洋枪洋炮，王爷要与之决战，咱们胜倒是没有问题，只怕会是一场惨烈之战呀。”
曾纪泽笑道：“本王只是要将楚军尽数吸引来，何时说过要与之决战了。”
程学启一怔，困惑之情重新写在了脸上，不解道：“不与之速战速决，何以能迅速的平定浙江，若是长久拖下去，只怕会给了西军机会呀。”
曾纪泽意味深长道：“放心吧，本王自有妙策，你就好好的休整，不日，大战便将开始。”
程学启点点头，心里却是愈加的困惑。
在十里之外，淮军的帅帐中，左宗棠也是同样地困惑，他困惑的是，曾纪泽浩浩荡荡率号称“十万”的大军进入浙江，却止步于杭州城外，迟迟不肯对他地三万楚军发起进攻。
左宗棠经过分析，将曾纪泽的这种行为归结为“畏惧”他，于是，左宗棠趁着明军这段时间的按兵不动，大规模的从金华、台州等地调集人马，及至十一月初，云集于杭州城下地楚军已达到了五万之众。