本年（万历四十六年）三月，八旗兵先突袭抚顺。
抚顺城是属于沈阳中卫所属的千户所，洪武十七年(1384年)建城，周围仅三里，但它是当时辽东城(辽阳)以东的边防重镇，朝廷与建州三卫往来的要冲。城东二十里的马市是建州女真与明朝直接统治下的汉人互市贸易的场地。抚顺城西距沈阳八十里，西南距辽阳，西北距开原，均约二百余里，在防守与进攻上与这些地方都可构成特角之势。其东即为女真之地，尤其是沿苏子河溯流而上，水陆两路可直达努尔哈赤的老营赫图阿拉。明朝廷与女真后金任何一方想之战守，皆不能舍弃此地。
努尔哈赤出兵前，祭祀天地、毫无创意地宣告七大恨尹峰开创了个先例，现在有人模仿了。
关内局势一片混乱，辽东军精锐抽调入关作战，对于这个六十岁的奸雄来说，是一个绝好的机会。因此，他汇合了蒙古部落骑兵，以八旗兵为前锋，蒙古族卖马人为内应，一举袭占抚顺，抚顺游击李永芳投降。
然后，防御兵力空虚的开原、沈阳陆续被八旗兵攻占。在京师城东吃了败仗的辽东总兵张承胤带兵紧急出山海关援救沈阳。明军一万人，偏偏还要分三路追击，结果列阵迎敌时明兵连放火器，犯了老毛病，敌人在射程外就开始乱放火器，伤害不到敌人，却使自家兵手忙脚乱。后金八旗兵奋勇射击，充分挥他们的骑射长技，一举冲垮了明军三个方阵。
与中华军作战，由于中华军也是步军为主，一旦战败明军腿脚快还能逃出生天。可是在抚顺边墙外，由于八旗主力为骑兵，明军溃败后连跑也来不及，结果总兵张承胤、副将蒲世芳皆战死，将士死者上万人，生还者百无一二。
八旗兵连战连捷，乘着辽东边军兵力空虚，一直抄掠道辽阳才返回。
建州女真正式扯旗造反，这近在咫尺的反叛势力已经在直接威胁辽东都司辖区，辽东的后方就是京师。这一下大明朝廷上上下下彻底地感到了危机感。相比之下，中华军基地远在东南海上，虽然能够打到两京城下，但一直要求和谈的，现在看来已经不是什么心腹大患了。
在六部九卿紧急会商后，辅方从哲向万历皇帝递交奏折，要求适当地答应海寇的条件，迅集结兵力出关，平定女真部叛乱。
万历皇帝朱笔批准，并派太监中旨，以最快度去南京通知徐光启一行人。早先，徐光启一到南京，就向北京出奏章，报告说海寇谈判条件实在是太离谱，谈判可能会旷日持久。现在，朝廷催促他尽快完成议和，只要能让中华军撤离两京，相应的条件都可答应；例外的有三条：封王绝对不许、海禁可以开但商民绝对不许有权议政、割让江南绝对不许。
八旗兵占领抚顺后，过了两个月，徐光启一行人通过淮阳明军的塘报才知道了此事。同时，万历帝派出的钦差特使以八百里快马赶到扬州，通过中华军的防线后来到南京城。这样，徐光启等人就接到了万历帝关于处置谈判事宜的中旨。他大为失望：这三不许，除了同意开海禁外，基本上就否定了中华公司的主要谈判条件。这让他拿什么去谈判？他已经在南京待了一个多月，谈判一直没有实质性进展。
而中华军对江南的控制更加稳定，甚至开始在南京城内开办纺织工厂、丝织作坊，公开设立学校，公开教授西学、杂学。虽然在徐光启看来，教授国人西方传来的几何数学、天文科技等东西是好事，但是这应该是朝廷做的事，一个反叛的商民团体做这些事，算是怎么回事？
虽然正式的停战命令还未下达，中华军和官军在各地现在都平安无事，和平相处。这样的和平局面显得非常的诡异，因为中华军是有实力进一步拓展控制区的，而官军则也是有能力骚扰中华军统治区的，但是双方基本上全线停战，连小规模的冲突都很少了。
根本原因在于，现在的战争前线已经变成了贸易场所。湖广的大米、木材、山西的煤等运往长江下游，由于战争这航路已经中断。如今，在两军控制区交界处，成了这些货物的交易场所。在太湖沿岸、湖州城北，就在官军眼皮子底下，无数百姓、商人自形成了几处贸易市场，每天南来北往无数民众，在这临时篱笆墙围起来的市场内交易丝绢、蚕茧、茶叶、粮食米麦、猪鸭鱼肉以及铁器、铜器、金器等各种手工艺品，中华公司银号钱庄也在此开设临时分号，中华公司的银票和刻了印的银子是通用货币。
参与交易的有明军官兵，他们脱了兵衣就成了商贩。常常有官军军官把军粮和军中铁器拿来与中华公司商人交易，换回白花花的银子。市场篱笆墙北端由中华军士兵把守，南端出口常常是明军官兵守卫，两边互不干扰。
中华军士兵不能经商，但是他们有责任保护自家商人经商，这是中华军成立的宗旨之一。
而在两军交界处，本来那些属于官军控制区的民众，听说了中华军三年免税的政策，纷纷举家迁往中华军控制区。明军一开始还向控制一下这种倾向，结果很快兵营中出现了逃兵，士兵们也想冒险逃亡中华军控制区，然后再把家人迁去。两军交界的千余里地，哪里都是空隙，官军无力全面封锁，最后那些领兵军官也就睁一只眼闭一只眼，防备中华军进攻还来不及呢，这些流民就随他去吧。
中华公司以商业为主要收入，对农业主要是扶持管理；而明朝政府收税对象主要是农民，对于官商把持的商业贸易，不想也无力征收赋税。两厢一比较，虽然中华公司治下的农民也是穷人，但是至少吃穿不愁，明显获得了较多的中下层明朝民众的拥护。