此刻，由于马达兰的进攻和贸易份额被巴达维亚夺走，万丹的情况很糟糕。中华公司万丹商馆的商情部曾经报告说，万丹的治安十分恶劣。居民五方杂处，英、荷水手时常闹事起哄，互相攻打。贵族官吏，横征暴敛，无所不为，游民盗窃，充斥市区。荷兰人、英国人和中国人商店成为抢劫对象，这简直就是国际都市的腐烂性的充分表现。在今年年初，有整整一个月，万丹陷于南榜“猎头族”所造成的恐饰之中。他们突然侵入家宅，割掉居民的头。据说是在南榜区有万丹人的宿敌，他们的“王”促使南榜人民前来猎头的。万丹政府对之也无可如何。在英国人、荷兰人鼓动下，也为了转移本地贵族、流民的愤怒情绪，万丹相腊纳孟加拉在今年5月份悍然下达驱逐华人的命令，并派兵进攻中华公司商馆。
万丹华人并不是团结的，由于本地有不少历史悠久达三百年以上的华人家族存在，中华公司在此地的号召力还不如巴达维亚。但是，在万丹土邦驱逐华人的行动中，这些华侨家族一样被赶出了城，不得不在中华公司商馆组织的自卫队保护下，向巴达维亚撤退。
同一时期，马达兰国王素丹阿贡在爪哇东部威腊索诺城打败了爪哇东部土邦联军。苏鲁马益、巴苏鲁安、杜板、威腊索诺、惹班、拉森、布伦东(在杜板以东的北海岸)、马都拉这些土邦国组成的同盟联军，准备极不充分，兵士苦于饥饿，困惫异常，被雄心勃勃的素丹阿贡国王打败。素丹阿贡占领威腊索诺城，本城太守在战争中为河水所溺毙。素丹阿贡为绝灭反叛之迹，把死亡的太守的儿子和他的居民，一起都移到万由马斯去。这种办法是马塔兰对战败的城区所经常采取的策略。
他这一战基本平定了爪哇东部，现在，马达兰国统一爪哇岛的目标就剩下西部的巴达维亚、万丹和井里汶。先，得把讨厌的中华公司赶走，夺走他们的财产。素丹阿贡国王和万丹相几乎同时对中国人下手：他第一刀砍向了三宝垄华人区，这是他统治区内最大的华人区。中华公司在此地有不少种植园和农场，还有一处堡垒式的商馆。然后，他逼迫泗水的苏丹驱逐华人；泗水苏丹已经臣服于马达兰国，不得不对城内的华侨动手。
荷兰人、英国人为万丹、马达兰提供武器，但是都是秘密进行的。在巴达维亚，荷兰人没有亲自对华人动手，因为巴达维亚几乎大半人口是华人，荷兰人也不想把整个巴达维亚都投入战火中去，这样做势必把自己人也牵连进去。巴达维亚的中华公司虽然被本地华侨家族冷落，但是依旧有着很大的实力，至少那中华商馆的卫队就足足有8oo多人。在爪哇其他华人区打成一团的时候，那些华人难民不断向巴达维亚集中，而荷兰人与中国人在此形成一种诡异的和平局面。
在尹峰带着大军到达马尼拉时，不仅爪哇岛，亚齐、马六甲、香料群岛、帝汶等地都生了土著人和华人的冲突。马六甲同时还遭到了英国人、荷兰人和亚齐土邦国的联合进攻。
亚齐王伊斯坎达尔.穆达是杀死自己叔叔篡位为王的。伊斯坎达尔.穆达和马达兰国王一样都是雄心勃勃的枭雄人物，一心要恢复当年麻若巴歇王朝的霸业。1613年5月7日，亚齐战船又攻柔佛的巴士沙瓦尔都，并且占领了它。1615年，亚齐已完全控制了马来半岛的柔佛。亚齐和柔佛联合起来，共同对付葡萄牙人。1615年秋，亚齐人曾向马六甲进攻，同葡军战于麻坡的沿海，历时三日三夜，终因不能击破葡军而退,1616年7月，亚齐王在致英王詹姆士一世的公文中，自称为“世界无敌的战士”，治国己达39年。这位夸夸奇谈的亚齐王，对于自己国力的强大是很有信心。
英国人、荷兰人都想乘中国内战的机会，夺取亚齐殖民地。亚齐王也乘着中华公司专心对付大明王朝海禁的机会，下手攻打亚齐华人殖民地。这一下，三家联手对中、葡两家起攻击。
总之，在尹峰在马尼拉准备出击南洋的时候，以爪哇、亚齐、马六甲为主要战区，南洋再次陷入了战乱。这一次的战争阵营很明确，西洋列强联手本地土著，共同对付中华公司以及全体华人。
战争初期，三宝垄、泗水的华人区都生激战，华人们在中华公司组织下成功抵御了成千上万土人的进攻，但是也只能困守在城内或者中华商馆控制区。万丹的华人缺乏组织和合作，基本被万丹军队驱逐一空。井里汶苏丹承受了马达兰国王的很大压力，坚决不向华人开战。各地分散的华人被杀戮一空，少数逃出生天的华侨难民在友好土著帮助下，陆陆续续向井里汶和巴达维亚逃去。
三宝垄中华公司商馆是一座石头砌起的建筑，如同一座堡垒。战事一起，三宝垄周边华人都躲进了中华商馆，凭借高大石墙抵御土人进攻。
没有重火器的土人虽然有成千上万，但是华人凭借高墙和几百杆燧火枪、两门小型青铜炮，一次次瓦解了土人的攻击。然而，就在不久前，中华商馆的水源被掐断，断水的华人们实在没法坚守了，在中华公司爪哇安全主管吴浩带领下突围而出。三宝垄的中华商馆就此陷落，为数三千的华人在突围中被杀死近千，余部扶老携幼、拖儿带女长途跋涉，十天后最终只有一千余人到达了井里汶。随后，井里汶城和城外中华商馆、种植园被蜂拥而来的数万马达兰军队包围。
李丽华得到的消息已经是十天前的，正是三宝垄华人余部撤退到井里汶的时候。因为，此时的整个爪哇岛上，只有巴达维亚和井里汶的中华公司商馆还有信鸽。
尹峰听完李丽华的报告，立刻下令给在婆罗洲整训部队的颜思齐第五师，立刻出击爪哇岛。