在朱慈烺的强力支持之下，临清城的官方民间力量都开始被统合。
随后，一个个带着后后丝巾面罩，穿着厚厚棉布隔离服的护兵们迅速出动，将所有可能感染之人全部隔离。
这个时候，陈维道处心积虑只打算感染皇家近卫军团的心思反而起了反作用。
在皇家近卫军团严苛的军律面前，无人会反抗，隔离进行得异常顺利。
只可惜，前期的蔓延总归是传了出去。城中开始时不时出现瘟疫传染。
就当传染的恐惧蔓延全城的时候，朱慈烺却不避艰险，坚持要亲眼看病例。
当朱慈烺发现患者基本上都是发热、严重毒血症症状、淋巴结肿大、肺炎、出血倾向后，便心中有了准备。
朱慈烺立刻就想到了同时代不远的欧洲爆发的黑死病，也就是鼠疫。
而这个时候，明朝的瘟疫专家吴又可的表现便格外亮眼了。
吴又可本名吴有性，朱慈烺待之格外有礼，一直称呼吴又可。吴有性对付瘟疫极有经验，光是经他收集编撰成书的就有发颐、大头瘟、虾膜瘟、瓜瓤瘟、疙瘩瘟，以及疟疾、痢疾等急性传染病，他明确指出这些病都不是六淫之邪所致，而是四时不正之气所为。
换句话说，吴又可是认为瘟疫一定程度上是通过空气传播的。朱慈烺听了，又补充了一下，说这可能是患者口中飞沫传播，也就是呼吸道感染经呼吸道飞沫传播。通过呼吸、谈话、咳嗽等，借飞沫形成的方式传播。这也就是护兵被感染后，蔓延到全军与全城的结果。
吴又可先是不服，但仔细思虑却不由惊叹。为此，朱慈烺又连珠炮一般将其余三种传染路径都道了出来。首要就是鼠蚤叮咬。经鼠蚤传播，事实上鼠蚤叮咬就是最主要的传染路径，首先出现于啮齿动物，其次到蚤上。最终传染到人。当朱慈烺这般说的时候，吴又可已经不再仓促反驳了，而是敬候朱慈烺继续论述。
此外，朱慈烺又提出了会通过皮肤感染经皮肤传播。比如剥食患病啮齿动物的皮、肉或直接接触患者的脓血或痰，经皮肤伤口而感染。说到这里，吴又可已经相信了三分。他亲身经历，见过许多患者家书收葬亲属时因此感染。
到了这里，当朱慈烺提出吃未熟鼠肉之类东西感染的时候。吴又可已经不得不跟着相信。
心中一阵震荡过后，作为一名医生的本分，吴又可又紧跟着激动了起来：“瘟疫可平矣！”
治理瘟疫，便如同行军打仗一样，知己知彼百战不殆。
明白了传染路径，事情做起了便方便了许多。
首先便是扑杀老鼠，全城大清洁，全城大洗澡。
对此，朱慈烺更是开出了一根老鼠尾巴一百文钱的赏格。又利用临清是整个北方棉纺市场的优势，购买了数万套新衣。只需要一户清洗干净。便以半价方式售出去。
一时间，全城百姓全都沸腾了起来。
杀老鼠的杀老鼠，洗澡捉跳蚤的捉跳蚤。在瘟疫的死亡威胁与新衣和百文铜钱的诱惑下，纷纷被朱慈烺一纸命令搅动起来。