不久，向西攻下州，全歼宋东南郭师中部，东进攻克富阳、新城，直趋杭州，以“杀朱勔”相号召。杭州是两浙路的府，又是造作局所在地，花石纲指挥中心之一，聚集着大批官吏和富商、地主。十二月二十九日，起义军攻入杭州，杀死两浙路制置使陈建、廉访使赵约，知州赵霆逃走。积怨已久的群众，在杭州捕捉官吏，掘蔡京父祖父坟墓，暴露其骸骨。各地百姓纷纷揭竿而起，响应方腊起义：浙北有苏州石生和湖州6行儿，浙东有县裘日新，浙南有仙居吕师囊、永嘉俞道安，浙西有州东阳霍成富，兰溪灵山朱言、吴邦。这时在浙西的方腊部将郑魔王、洪载和响应部队已占领了州、衢州、处州等地。各地农民望见义军的旗帜，听见鼓声，就跑来迎接，参加义军的更是“项背相望”。
方腊在杭州作出了分兵“尽下东南郡县”的决策，派方七佛率领二十五万人马进攻州，以图北上，攻取金陵，实现“画江而守”的计划。方七佛一举攻下崇德县，进围杭州东北的州，并分兵进入湖州境内。同时方腊率领主力南征，相继攻下、衢两州。义军王寅部北上攻克宣州，进围广德军。二年后，义军先后攻下十州七十多县，包括浙江省全境和安徽、江苏南部、江西东北部的广大地区。
高俅率领四十万禁军南下进剿方腊义军，一路上纵兵烧杀抢掠无恶不作，有时不管信不信摩尼教都一律杀一律烧。那些听闻或目睹官军恶行的江南百姓，不管信不信摩尼教，都纷纷加入了方腊的义军。加上卢俊义派往高俅军中的卧底特工给方腊军有关高俅的军事情报，使得方腊军屡次抢得先机，将高俅打得落花流水，节节败退，而方腊军愈壮大，几乎将赵宋的东南赋税之地全部占领，切断了宋王朝的经济命脉。
赵宋朝廷惊恐万状之下。只好跟西夏媾和。结束西夏之战。将最精锐地童贯西北军调往江南。进剿方腊义军。童贯任江浙等路宣抚使。矫诏撤销苏、杭造作局和停运花石纲。罢黜朱氏父子兄弟地官职。釜底抽薪地松懈了义军地斗志。而方腊地摩尼教毕竟是舶来品。又没有佛教那般为了传教无所不用其极甚至不惜将观世音变性地魄力。以至于始终融入不去宋境中。开始展这么快纯粹是因为赵宋朝廷压迫太过。草民们都要找到一个领头人来造反。一旦朝廷减免苛政。这些依附于摩尼教地大量贫民不愿附逆。便都逃走归家。
政和五年正月。童贯大军攻占江宁府。继而攻下了润州。进逼湖州、常州等地。因有卢俊义地情报支持。方腊军跟强大百战之师童贯军对阵时也能偶取胜战。但因为方腊之前对待官僚地主太过残忍。动辄点天灯挖膛摘心。结果他统治下地江南腹地内有许多地主和官僚余孽死灰复然。跟官军遥相呼应。将方腊军地优势一点点给消除掉。
政和七年。州被童贯军攻破。方七佛战死。义军州之战失利。杭州失去屏障。宣和二年元月。宋军包围杭州。方腊义军经过数月苦战。因粮尽援绝。被迫退出杭州。杭州失守。方腊义军形势急转直下。大多数义军将士都丧失了当初对摩尼教地信仰。于是兵败如山倒。
宣和二年四月。方腊退出杭州。由富阳、新城、桐庐、建德、青溪。时战时退。最后退守帮源。六月二十四日。宋军从东西两面包围帮源。方腊在帮源地严家溪滩。与宋军作一死战。在战斗中。方腊坐骑战死。战刀丢失。最后不得不带亲信。退往洞源村东北地石洞中躲藏。石洞分上中下三窟。极为隐蔽。官军无法寻找。统制官王禀下令搜山。裨将韩世忠由方庚作向导。收买叛徒方京。才寻得方腊躲藏地石洞。六月二十七日。经过一番殊死搏斗。方腊和妻邵氏、子方、宰相方肥、等一百多人被俘。宿将辛兴宗随后赶到。将韩世忠功劳窃为己有。方腊及其妻邵氏、子方二太子、丞相方肥等三十多人力竭被俘。解往汴京。八月二十四日全部被赵凌迟处死。